Papież nawiedził wówczas następujące miejscowości: Gdańsk, Sopot, Gdańsk Oliwę, Pelplin, Elbląg, Licheń, Bydgoszcz, Toruń, Ełk, Wigry, Siedlce, Drohiczyn, Warszawę, Sandomierz, Zamość, Radzymin, Łowicz, Sosnowiec, Kraków, Gliwice, Stary Sącz oraz Częstochowę. Hasłem pielgrzymki były słowa zaczerpnięte z listu św. Jana Apostoła: Bóg jest miłością. Koordynatorem przygotowań pielgrzymki papieża do ojczyzny był ówczesny biskup pomocniczy diecezji toruńskiej bp Jan Chrapek.

Świat nauki

Papież przyleciał do Torunia z Bydgoszczy. Na lotnisku toruńskim wylądował o godzinie 13.35. Został powitany przez bpa Andrzeja Suskiego oraz przedstawicieli władz lokalnych. Przybycie Ojca Świętego do Torunia ogłosił swoim dźwiękiem dostojny średniowieczny dzwon Tuba Dei. Papież przejechał papamobile na Stare Miasto, zatrzymał się w domu biskupim, gdzie zjadł obiad i chwilę odpoczął. Następnie nawiedził toruńską katedrę św. Janów, gdzie zmówił modlitwę, a przy kaplicy chrzcielnej zaintonował pieśń Salve Regina.

Po godzinie 17.00 Ojciec Święty spotkał się w Auli Uniwersytetu Mikołaja Kopernika z około 1200 przedstawicielami świata nauki, reprezentującymi około 200 szkół wyższych. Było to pierwsze spotkanie Jana Pawła II ze światem nauki na świeckiej uczelni w Polsce. Główna myśl spotkania została zaczerpnięta z encykliki Ojca Świętego Fides et ratio i koncentrowała się wokół wiary oraz poszukiwania sensu istnienia w kontekście badań naukowych. W rozważaniach odniesiono się również do osoby Mikołaja Kopernika, a szczególnie jego listu z 1542 roku skierowanego do papieża Pawła III w związku z publikacją dzieła O obrotach sfer niebieskich. Poniżej cytujemy fragment przemówienia papieża wygłoszonego podczas spotkania:

Jestem niezmiernie rad, iż ponownie na moim szlaku pielgrzymim po ojczystej ziemi dane mi jest spotkać się z wami, ludźmi nauki, przedstawicielami wyższych uczelni z całej Polski. Jest rzeczą bardzo wymowną, że te spotkania ze światem nauki stały się już częścią integralną papieskich podróży po wszystkich kontynentach. Są to bowiem momenty szczególnego świadectwa. Mówią one o głębokiej i wielorakiej więzi jaka istnieje pomiędzy powołaniem ludzi nauki a posługą Kościoła, która w swej istocie jest «diakonią Prawdy».[...]

Ludziom nauki oraz ludziom kultury powierzona została szczególna odpowiedzialność za prawdę — dążenie do niej, jej obrona i życie według niej. Znamy dobrze trudności związane z ludzkim poszukiwaniem prawdy, z których dzisiaj na czoło wysuwają się: sceptycyzm, agnostycyzm, relatywizm i nihilizm. Dzisiaj nierzadko usiłuje się nam wmówić, iż skończył się bezpowrotnie czas pewności poznania prawdy oraz że jesteśmy nieodwołalnie skazani na totalny brak sensu, na prowizoryczność poznania, ciągłą zmienność i względność. W tej sytuacji jawi się nagląca konieczność potwierdzenia podstawowego zaufania do ludzkiego rozumu i jego zdolności do poznania prawdy — także tej absolutnej i ostatecznej. Człowiek jest zdolny do wypracowania sobie jednolitej i organicznej koncepcji poznania. Wycinkowość wiedzy i fragmentaryzacja sensu burzy wewnętrzną jedność człowieka. Człowiek dąży do pełni poznania, gdyż jest istotą, która z natury szuka prawdy (por. Fides et ratio, 28) — i nie może bez niej żyć. Trzeba, aby nauka współczesna, a zwłaszcza współczesna filozofia, odnalazły — każda we własnym zakresie — ów wymiar sapiencjalny polegający na poszukiwaniu ostatecznego i całościowego sensu ludzkiej egzystencji.

Poszukiwanie prawdy dokonuje się nie tylko w indywidualnym zmaganiu w bibliotece czy w laboratorium, ale ma także wymiar wspólnotowy. «Człowiek udoskonala się bowiem nie tylko przez zdobywanie abstrakcyjnej wiedzy o prawdzie, ale także przez żywą relację z drugim człowiekiem, która wyraża się przez dar z siebie i przez wierność. W tej wierności, która uzdalnia do złożenia siebie w darze, człowiek znajduje pełnię pewności i bezpieczeństwa. Zarazem jednak poznanie oparte na wierze, którego podstawą jest zaufanie między osobami, nie jest pozbawione odniesienia do prawdy: wierząc, człowiek zawierza prawdzie, którą ukazuje mu druga osoba» (Fides et ratio, 32). Jest to z pewnością doświadczenie bliskie każdemu z was tu obecnych. Do prawdy dochodzi się także dzięki innym, w dialogu z innymi i dla innych. Poszukiwanie prawdy i dzielenie się nią z innymi jest ważną posługą społeczną, do jakiej w szczególny sposób są wezwani ludzie nauki.

Wzór kapłana

Kolejna część spotkania z Papieżem miała miejsce na toruńskim lotnisku. Zebrało się na nim około 300 tys. wiernych. Podczas oczekiwania na Ojca Świętego pielgrzymi uczestniczyli we Mszy św. Przewodniczył jej jezuita, misjonarz, ks. kard. Adam Kozłowiecki. Przypomnijmy, że jako młody jezuita prawie całą wojnę przesiedział w więzieniach i obozach. W Dachau spotkał ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego. Tak go wspominał w czasie homilii: Nigdy z nim nie rozmawiałem, ale go obserwowałem. Wzór kapłana, promieniowało od niego stałe zjednoczenie z Bogiem. Całą osobą dawał świadectwo Chrystusowi. W tym „przedpieklu”, jakim były hitlerowskie obozy koncentracyjne, gdzie rozwrzeszczeni kapowie bili i kopali pogardzanych „klechów”, obrzucając ich najgorszymi przekleństwami, ledwie ciągnących nogami, z tępym i wystraszonym wyrazem zapadniętych głodem oczu, spojrzenie na spokojne i nawet pogodne oczy ks. Frelichowskiego dawało świadectwo, że nawet w tych warunkach jest tu Ten, który powiedział: „Jestem z wami aż do skończenia świata”. Całą swoją postawą dawał nam świadectwo, że nie jesteśmy tu sami, bo jest z nami Ten, który powiedział: „Nie bójcie się! Jam zwyciężył świat”.

Beatyfikacja

Tuż po godz. 18.00 zebrani na lotnisku pielgrzymi powitali Ojca Świętego. Po pieśni powitalnej rozpoczęła się ceremonia beatyfikacyjna ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego. Ordynariusz toruński bp Andrzej Suski zwrócił się do Ojca Świętego z prośbą o włączenie w poczet błogosławionych ks. Stefana. Po odmówieniu przez Papieża formuły beatyfikacyjnej całe lotnisko eksplodowało ogromną radością.

Następnie w kierunku ołtarza ruszyła procesja z relikwiami nowego Błogosławionego. Relikwie niósł Stanisław Bieńka, który zabezpieczył je już w obozie koncentracyjnym w Dachau. Uroczystość beatyfikacyjną zakończył bp Andrzej Suski, który podziękował za dokonanie aktu beatyfikacji.

Następnie odbyło się nabożeństwo czerwcowe, któremu przewodniczył kardynał Franciszek Macharski. Punkt kulminacyjny nabożeństwa stanowiło nauczanie wygłoszone przez Ojca Świętego, oto jego fragmenty:

Drodzy Bracia i Siostry, bez wewnętrznej odnowy i bez pokonania zła i grzechu w sercu, a zwłaszcza bez miłości człowiek nie zdobędzie wewnętrznego pokoju. Pokój może przetrwać tylko wówczas, gdy jest zakorzeniony w wyższych wartościach, oparty na normach moralnych i otwarty na Boga. Nie może się natomiast ostać, jeśli został wzniesiony na grząskim gruncie religijnej obojętności i płytkiego pragmatyzmu. Rodzi się on w sercu ludzkim i w życiu społeczeństwa z ładu moralnego, porządku etycznego, zachowania Bożych przykazań.

Dzielmy się tym Bożym pokojem z innymi, tak jak to czynił błogosławiony kapłan i męczennik Wincenty Frelichowski. W ten sposób staniemy się zaczynem pokoju w świecie, w społeczeństwie, w środowisku, w którym żyjemy i pracujemy. Zwracam się z tym apelem do wszystkich bez wyjątku, a zwłaszcza do was, drodzy kapłani. Bądźcie świadkami miłosiernej miłości Boga. Głoście z radością Ewangelię Chrystusa, rozdając Boże przebaczenie w Sakramencie Pojednania. Przez swoją posługę starajcie się przybliżać każdego do Chrystusa — Dawcy pokoju.

Kieruję te słowa również do was, drodzy rodzice, którzy jesteście pierwszymi wychowawcami waszych dzieci. Bądźcie dla nich obrazem Bożej miłości i przebaczenia, starając się ze wszystkich sił budować rodzinę zjednoczoną i solidarną. Rodzino, to właśnie tobie powierzono misję o pierwszorzędnym znaczeniu: masz uczestniczyć w budowaniu pokoju, dobra, które jest niezbędne dla rozwoju i poszanowania życia ludzkiego.

Proszę was, wychowawcy, którzy jesteście powołani, aby wpajać młodemu pokoleniu autentyczne wartości życia. Uczcie dzieci i młodzież tolerancji, zrozumienia i szacunku dla każdego człowieka. Wychowujcie młode pokolenie w klimacie prawdziwego pokoju. To jest ich prawem. To jest waszym obowiązkiem.

Wy, młodzi, którzy nosicie w sercach wielkie aspiracje, uczcie się żyć w zgodzie i wzajemnym poszanowaniu, solidarnie pomagając jedni drugim. Podtrzymujcie w waszych sercach dążenie do dobra i pragnienie pokoju (por. Orędzie na światowy Dzień Pokoju, 1.01.1997, n. 8).

Dzięki składam Bogu, że dane mi było dzisiaj nawiedzić Toruń, prastary gród nad Wisłą i wspólnie z Wami, z głębi wielu serc, a także z głębi dziejów Kościoła na tej ziemi, wyznać na nowo Bożemu Sercu: „Twoją jesteśmy własnością i do Ciebie należeć chcemy”. Niech to wspólne wyznanie i zawierzenie stanie się bramą Trzeciego Tysiąclecia, radosnym przejściem w nowe czasy. Serdecznie pozdrawiam wszystkich tu obecnych.

Po błogosławieństwie końcowym w kierunku ołtarza ruszył pochód darów ofiarnych. Ojcu Świętemu wręczono między innymi księgę działań charytatywnych, w której znalazły się zapisy działań wyrażających troskę społeczności miejskiej Torunia o osoby najsłabsze, chore oraz potrzebujące. Pośród darów znalazły się także: poemat religijny „Septem Sidera”, przypisywany Mikołajowi Kopernikowi, w łacińskim oryginale wraz z tłumaczeniem na język polski i niemiecki - dar Wyższego Seminarium Duchownego; obraz przedstawiający wizerunek „pasiaka” z numerami obozowymi bł. Stefana Wincentego Frelichowskiego od byłych więźniów Dachau oraz obraz od Związku Polskich Artystów Plastyków w Toruniu; sieć rybacka od rybaków z Pojezierza Brodnickiego; piernik wielkości 50x45 cm w kształcie księgi, zawierający tytuł dzieła Kopernika, wyobrażenie układu heliocentrycznego i podpis astronoma - od Fabryki Cukierniczej „Kopernik” w Toruniu.