Na wstępie Ojciec Święty nawiązał do czytanego w dzisiejszą uroczystość Chrystusa Króla fragmentu Ewangelii (Łk 23,35-43), opisującego obietnicę udziału w królestwie Bożym, złożoną przez Jezusa Dobremu Łotrowi. Zaznaczył, że Chrystus zawsze i wszędzie pragnie jedynie udzielić zbawienia. Odnosząc się do drwin z Pana Jezusa na Kalwarii, Franciszek przypominał, że region Nagasaki doświadczył, jak rzadko które ziemie, niszczących możliwości, do jakich zdolny jest człowiek. „Dlatego, podobnie jak dobry łotr chcemy przeżyć tę chwilę, w której możemy zawołać głośno i wyznać naszą wiarę w obronie i służbie dla Pana, cierpiącego Niewinnego. Chcemy towarzyszyć Jego męce, wspierać Jego samotność i opuszczenie, i po raz kolejny usłyszeć, że zbawienie jest słowem, które Ojciec chce ofiarować wszystkim” – powiedział papież.

Franciszek przypomniał także świadectwo męczenników japońskich. „Pragniemy iść ich śladami, podążać ich krokami, aby odważnie wyznawać, że miłość dana, złożona w ofierze i uświęcona przez Chrystusa na krzyżu jest w stanie przezwyciężyć wszelkiego rodzaju nienawiść, egoizm, zniewagę lub uchylanie się od obowiązków. Jest w stanie pokonać wszelki gnuśny pesymizm lub usypiający dobrobyt, doprowadzający do sparaliżowania wszelkiego dobrego działania i decyzji” – zaznaczył Ojciec Święty. Przypomniał zarazem, że wiara chrześcijan pobudza ich tym bardziej do rzetelnego wypełniania swych obowiązków doczesnych.

„Wierzymy w Boga żywych. Chrystus żyje i działa pośród nas, prowadząc nas wszystkich do pełni życia. On żyje i chce byśmy żyli - taka jest nasza nadzieja” – stwierdził papież. Zaznaczył, że to jest motywem dla którego modlimy się „przyjdź królestwo Twoje”, bo chcemy, aby nasze życie i nasze działania stały się uwielbieniem. „Jeśli naszą misją jako uczniów-misjonarzy jest bycie świadkami i zwiastunami tego, co nadejdzie, to nie możemy pogodzić się ze złem i niegodziwościami, ale pobudza nas ona, abyśmy byli zaczynem Jego królestwa, gdziekolwiek jesteśmy” – podkreślił Franciszek.

„Drodzy bracia, Nagasaki nosi w swej duszy ranę trudną do zagojenia, znak niewytłumaczalnego cierpienia wielu niewinnych; ofiar dotkniętych wojnami dnia wczorajszego, ale które także i dziś cierpią z powodu tej trzeciej wojny światowej w kawałkach. Wznieśmy tutaj swój głos poprzez wspólną modlitwę za wszystkich, którzy dzisiaj cierpią w ciele z powodu tego grzechu, który woła o pomstą do nieba, oraz aby było coraz więcej tych, którzy jak dobry łotr są zdolni, żeby nie milczeć ani drwić, ale prorokować własnym głosem królestwo prawdy i życia, królestwo świętości i łaski, królestwo sprawiedliwości, miłości i pokoju” – stwierdził Ojciec Święty na zakończenie swej homilii.

W modlitwie wiernych modlono się: po hiszpańsku za papieża Franciszka, aby jego wizyta przyniosła bogate owoce miastu; po koreańsku za przywódców i wszystkich, którzy pragną żyć w pokoju, aby wykorzystali swoje możliwości, by osiągnąć prawdziwe szczęście i pokój dla ludzi w swoich regionach, narodach i na świecie; w języku tagalog za znajdujących się w trudnej sytuacji, szczególnie tych, którzy uciekają przed wojną i przemocą oraz tych, którzy dążą do odbudowy swojego życia po katastrofach i wypadkach, niech Chrystus, który przyniósł nowe życie poprzez swoje cierpienie i śmierć, pomaga im żyć razem w nadziei; po japońsku za chrześcijan w Japonii, aby obdarzeni mądrością i odwagą podążali za przykładem wiary męczenników i przodków; po wietnamsku o pokój i ofiary wojny, tych, którzy stracili życie w Nagasaki w wyniku wybuchu atomowego, aby świat poznał pokój oparty na miłości, przebaczeniu, wzajemnej pomocy i współpracy.

Przed zakończeniem Mszy św., głos zabrał głos arcybiskup Nagasaki Joseph Mitsuaki Takami, który serdecznie podziękował Franciszkowi za przybycie do tego miasta, przewodniczenie liturgii i orędzie pokojowe, skierowane do całego świata. "W imieniu mieszkańców Nagasaki i całej Japonii pragnę wyrazić najszczerszą wdzięczność za obecność tutaj, w Parku Pokoju i za przesłanie całemu światu mocnego orędzia w sprawie likwidacji broni jądrowej w imię pokoju" – powiedział abp Takami. Podkreślił, że uczynienie tego właśnie tutaj, w mieście, które było ostatnim miejscem, na które spadła bomba atomowa, "było wielkim pragnieniem narodu japońskiego, zwłaszcza tych, którzy przeżyli tamten atak i było dla nas wielką pomocą w wysiłkach, aby pragnienie to stało się rzeczywistością".

Arcybiskup wyraził też papieżowi wdzięczność za to, że odwiedził on również sanktuarium męczenników w tym mieście. Przypomniał, że w latach 1614-1873, gdy chrześcijaństwo było w Japonii zakazane, zginęło tam kilkadziesiąt tysięcy ludzi, "dając swym życiem świadectwo wiary". "My, współcześni chrześcijanie, także mamy dawać wspaniałe świadectwo wiary słowami i czynami a Ty, Ojcze Święty, jesteś naszym przewodnikiem, zachęcasz nas i dajesz nam nadzieję" – dodał arcybiskup.

Nawiązując z kolei do przypadającej w tym dniu uroczystości Chrystusa Króla Wszechświata, wskazał, że podczas tej Mszy św. "zostaliśmy ponownie wezwani do konkretnego ukazania miłości Chrystusa do świata". Ważne jest to szczególnie tam, gdzie "egocentryzm zdaje się rosnąć w siłę a nasze człowieczeństwo i godność są zagrożone pojedynczo i społecznie" – zaznaczył metropolita Nagasaki.

Na zakończenie wyraził "szczerą nadzieję, że Pan będzie czuwał nad Waszą Świątobliwością przez cały czas podróży do Hiroszimy i że Twoja jutrzejsza wizyta w Tokio będzie bezpieczna, znacząca i owocna".

Przy ołtarzu znajdowała się figura Matki Bożej nazywana Madonną z Nagasaki. Wybuch sprzed 74 lat zniszczył niemal doszczętnie katolicką katedrę Urakami – jedną z największych w ówczesnej Azji – położoną ok. 500 m od miejsca zrzucenia bomby. Zachowanie się drewnianej figury Matki Bożej tam, gdzie wybuch potrafił „przetopić” dzwony katedry, rzeczywiście graniczy z cudem. Wygląd niedużego drewnianego posążka: twarzy z częścią tułowia, jest wstrząsający. Oczy postaci są wypalone. Nadpalony jest także jej policzek i włosy. Na twarzy widać rysy, które dla wielu odwiedzających katedrę kojarzą się z obfitymi łzami. Figura „Zbombardowanej Madonny”, pobłogosławiona przez Benedykta XVI w Rzymie, odbyła już kilka pielgrzymek po świecie m.in. do siedziby ONZ w Nowym Jorku i do Guerniki w Hiszpanii – miasta, na które po raz pierwszy w historii dokonano nalotu dywanowego (w 1938).

Maryja z Nagasaki jest określana w języku angielskim jako „Zbombardowana Madonna” („Atom-bombed Madonna” lub „Bombed Mary”). Jednakże Kościół w Japonii używa bardziej konkretnej nazwy „Maryja – ofiara wybuchu atomowego” (Hibaku no Maria). Nie przestaje ona inspirować w różny sposób m.in. muzyków. W nawiązaniu do tego tytułu powstała w 1991 słynna pieśń a capella „Ave Maria; Modlitwa dziękczynna złożona Marii – ofierze wybuchu atomowego” (Hibaku no Maria ni sasageru Sanka: Ave Maria), której pierwszymi wykonawcami byli solistka Erika Colon Miki i grupa „Camerata Kobe” z Kobe.

Po Mszy św. Franciszek udał się na lotnisko, z którego samolotem odleci do Hiroszimy, która jako pierwsza na świecie padła ofiarą ataku jądrowego w czasie II wojny światowej. Wygłosi tam, przy Pomniku Pokoju przesłanie na rzecz pokoju. Następnie odleci do Tokio.