Już w 1466 r., jak wynika z dokumentu odpustowego dla Jasnej Góry, na terenie dzisiejszego sanktuarium istniał cmentarz, gdzie pielgrzymi modlili się za zmarłych. W średniowieczu klasztory miały prawo grzebania zwłok swych dobrodziejów i konfratrów. Teren dzisiejszych krużganków tzw. Wieczernika, to przestrzeń byłego przykościelnego cmentarza.

Na tzw. jasnogórska nekropolię składają się m.in. krypty w Kaplicy Matki Bożej, kaplice nagrobne w bocznych nawach bazyliki oraz Kaplica Pamięci Narodu. Jasna Góra to miejsce, które wciąż na nowo „opowiada” o przeszłości – w 2009 r. podczas remontów w bazylice odkryto tajemniczą kryptę z rzadko spotykanymi w Polsce tzw. dłubankami - trumnami wydłubanymi w pniu drzewa.

Przybywający w listopadzie na Jasną Górę pielgrzymi mają teraz wyjątkową okazję, by nawiedzić znajdujące się w podziemiach tzw. przybudówki Kaplicy Matki Bożej miejsce pochówku zakonników. Jasnogórskie „katakumby” cieszą się dużym zainteresowaniem pielgrzymów.

W krypcie w 36. niszach wykutych w skale pochowani są ojcowie i bracia paulini. Paulini, żyjący według surowej reguły św. Augustyna, jeszcze do ubiegłego wieku zachowywali specjalny rodzaj pochówku, pozbawiony nagrobków ziemnych. Zmarłego wystawiano w skromnej, drewnianej trumnie w kościele, żeby można było pożegnać się z nim i odprawić nabożeństwo żałobne, po czym znoszono ciało do podziemi, gdzie układano je na desce i zamurowywano w niszach. Po około stu latach wnęki opróżniano, a prochy wsypywano do specjalnych urn.

Przez wieki kryptę przebudowywano, tak jak przebudowywano cały klasztor. W jasnogórskich kronikach zapisano informację o trwającym siedem godzin nabożeństwie żałobnym odprawionym 13 października 1836 roku, podczas którego do wspólnego grobu złożono prochy pochowanych tam wcześniej paulinów.

Później w krypcie spoczęli m.in. generałowie Zakonu Paulinów. Na ścianie przed wejściem do krypty znajduje się tablica z wykazem pochowanych zakonników.

Jest wśród nich o. Pius Przeździecki - niezłomny wobec władz carskich, aż trzykrotnie przez te władze carskie usuwany z Jasnej Góry, m.in. w 1895r. za przynależność do tajnego związku księży absolwentów petersburskiej Akademii Duchownej został zesłany przez do gubernii pezneńskiej, gdzie rozwinął działalność duszpasterską wśród miejscowych Polaków, a także ludności prawosławnej. Po powrocie na Jasną Górę zaangażował się w prace społeczne w Częstochowie i w innych ośrodkach. Z gronem paulińskich «zelotów» (zapaleńców) zainicjował duszpasterstwo stanowe, szczególnie wśród nauczycieli i robotników. Kolejny generał to o. Piotr Markiewicz, który uchodził za wybitnego kaznodzieję i działacza społecznego czynnego w większości akcji podejmowanych przez radę miejską i diecezjalną w Częstochowie, zwłaszcza na polu oświaty i działalności charytatywnej a także opieki nad pielgrzymami.

W krypcie spoczywa także o. Alojzy Wrzalik, który był generałem paulinów w najtrudniejszym Polaków czasie komunistycznych prześladowań lat 50-tych ub. wieku i stanął w obronie uwięzionego Prymasa Wyszyńskiego.

W krypcie pochowani są też przeorzy Jasnej Góry; O. Kajetan Raczyński, odważny obrońca Jasnej Góry zwłaszcza w okresie stalinizmu, nieugięty wobec władz komunistycznych, prześladowany i za to więziony przez te władze w latach 1950 i 1952r., o. Norbert Motylewski, niezłomny przeor czasu II wojny świtowej. Jest o. Polikarp Rawicki, zakonnik ratujący w czasie II wojny światowej życie wielu ludziom, w tym także Żydom, pracujący w ruchu oporu, a także profesor w tajnym nauczaniu.

Od 1968 r. zmarli ojcowie i bracia paulini chowani są na miejskim cmentarzu św. Rocha w Częstochowie. W pierwszym grobowcu z wizerunkiem Maryi Jasnogórskiej spoczywa, m.in. o. Wawrzyniec Kościelecki – wieloletni opiekun chórów jasnogórskich, dyrygent i organizator śpiewów liturgicznych. W drugim grobowcu, nad którym góruje figura Chrystusa Zmartwychwstałego, spoczywa, m.in. o. Rufin Abramek – przeor Jasnej Góry i założyciel miesięcznika „Jasna Góra”, o. Teofil Krauze, przeor Jasnej Góry w okresie Millenium, o. Paweł Kosiak, wybitny mariolog i kaznodzieja, o. Honorat Marcinkiewicz – wieloletni jasnogórski archiwista.

W podziemiach Kaplicy Matki Bożej pochowany był bohaterski przeor Jasnej Góry z czasów oblężenia szwedzkiego w XVII o. Augustyn Kordecki. 24 marca 1673 r. paulini odprawili nabożeństwo żałobne, a doczesne szczątki swego przeora złożyli pod ołtarzem Matki Bożej. W 1973 r. , z okazji 300. rocznicy śmierci o. Kordeckiego wystawiono urnę z jego prochami. Znalazła ona swe stałe miejsce w zaszklonej niszy lewej ściany Kaplicy Matki Bożej.

Sława Jasnej Góry była powodem, że wielu wybitnych dostojników świeckich i kościelnych pragnęło spocząć na tym świętym miejscu. Przedmiotem zabiegów licznych dobrodziejów klasztoru było także uzyskanie zgody klasztoru na budowę własnych krypt grobowych w kościele, a przede wszystkim w Kaplicy Cudownego Obrazu.

W Kaplicy Matki Bożej znajduje się kilka XVII-wiecznych epitafiów i nagrobków, a także i krypty, które kryją szczątki dobrodziejów sanktuariów, m.in. Heleny z książąt Wiśniowieckich Warszyckiej - kasztelanowej krakowskiej, Stanisława Warszyckiego, wojewody mazowieckiego i kasztelana krakowskiego; księdza Stanisława Krajewskiego, kustosza katedry łowickiej; Jana Klemensa Branickiego, podkomorzego krakowskiego, starosty bocheńskiego i wielickiego. Znaleźli tu również miejsce ostatniego spoczynku członkowie takich rodzin jak m.in.: Męcińscy, Żabiccy oraz Zygmunt Grudziński i Jan Branicki.

Do bazyliki jasnogórskiej przylegają dwie reprezentacyjne, prywatne kaplice grobowe: Jabłonowskich i Denhoffów. Wejście do kaplicy Denhoffów prowadzi z prawej bocznej nawy bazyliki przez portal z czarnego marmuru dębnickiego, z XVII-wieczną ozdobną kratą, zwieńczoną godłem paulinów. Kaplica nazywana Kaplica św. Pawła Pustelnika jest udostępniona dla pielgrzymów i zwiedzających. Tu odprawiane nowenna przed świętem Patrona Zakonu - św. Pawła z Teb. Jest ona też tradycyjnym miejscem przedpogrzebowym wystawienia ciał zmarłych paulinów. Pod kaplicą mieści się krypta grobowa z zachowanymi ok. dwudziestoma trumnami członków rodziny Denhoffów oraz kilku zakonników paulińskich z XVII i XVIII w.

Bardzo ciekawa jest krypta w kaplicy Denhoffów, w której są portrety trumienne, tarcze herbowe, blachy z inskrypcjami.

Kaplica Jabłonowskich dziś nazywana Kaplicą Najświętszego Serca Pana Jezusa powstała w latach 1751-1759 jako mauzoleum grobowe. Fundatorem był Stanisław Wincenty Jabłonowski, wojewoda rawski (spoczywa on pod bazyliką). Była ona przebudowana z istniejącej wcześniej Kaplicy Świętych Aniołów Stróżów.

Pod posadzką bazyliki znajdują się również inne krypty. Badania archeologiczne z lat 2009-2012 wykazały, że pod posadzką części chórowej natrafiono na pochówki ziemne - najprawdopodobniej z czasu, gdy wokół wcześniejszego kościoła drewnianego istniał cmentarz. Okazało się, że to najstarsza na Jasnej Górze krypta pochówkowa, pochodząca prawdopodobnie z okresu zbliżonego do czasu ufundowania tam pierwszego murowanego kościoła - przed 1460 r. W tych kryptach grobowych chowani byli zakonnicy paulińscy i osoby świeckie. W niektórych kryptach odkryto unikatowe pochówki trumienne z XV wieku tzw. dłubanki, czyli pochówki w wydrążonych pniach drzew. Do tej pory w Polsce odnaleziono tylko dwa podobne sarkofagi. Z kolei w jednej z krypt trumny były posypane wapnem, co może wskazywać, że zmarli mogli być ofiarami zarazy.

Wyjątkową symbolikę ma na Jasnej Górze Kaplica Pamięci Narodu. Otwarto ją w 1989 r. w zaadaptowanym do tego celu wnętrzu XVII – wiecznej dzwonnicy, usytuowanej w pobliżu pomnika o. Kordeckiego, którego imieniem Kaplica została nazwana. Przeznaczona jest na umieszczenie narodowych relikwii – urn z prochami oraz tablic pamięci narodowej. Tu znalazła się ziemia zebrana z pól bitewnych XIX i XX w., powstań narodowych, wojen światowych, a także m.in. Katynia i kopalni „Wujek” przechowywana jest w Kaplicy Pamięci Narodu. Jest ziemia z obozów koncentracyjnych w Mauthausen i Oświęcimiu.

Tu, 4 listopada br., podczas jasnogórskiego świętowania 100-lecia odzyskania przez Polskę niepodległości zostanie wmurowana pamiątkowa tablica poświęcona kapitanowi Arturowi Wiśniewskiemu legioniście I Brygady Legionów Polskich, Żołnierzowi Niepodległości. Kpt. Wisniewski zginął w obronie Ojczyzny w wojnie polsko -bolszewickiej. 4 listopada 1918 r. przejął Jasną Górę z rąk austriackich zaborców.

Przy jasnogórskiej bazylice znajduje się też Kaplica Świętych Relikwii. W szklanych gablotach pokrywających wszystkie jej ściany znajdują się relikwie świętych i błogosławionych, m.in. Filipa Neriusza, a także św. Walentego - patrona zakochanych.

- Ta kaplica to swoiste mauzoleum świętych – mówi o. Stanisław Rudziński, kustosz Zbiorów Wotywnych Jasnej Góry. W Kaplicy Relikwii odprawiano kiedyś egzorcyzmy, aby mieć wstawiennictwo świętych, by to oni wspomagali w zmaganiu się z duchem ciemności, z szatanem.'

Podczas niedawnej konserwacji właśnie w tym miejscu odkryte zostały prawdziwe arcydzieła: oryginalne zdobienia, polichromie na szafach i ołtarzach oraz obrazy.

Kaplica Świętych Relikwii czekała na renowację od 1628 roku, kiedy to jako kryptę, zaprojektował ją słynny wówczas architekt Goltzman. Kilkakrotnie przebudowywana, w specjalnych, pozłacanych szafkach, w zdobionych relikwiarzach przechowywała cząstki świętych. Są np. dwie głowy męczenników: św. Honorata i św. Kandydy, sprowadzone uroczyście z Rzymu w 1682 r. czy głowy świętych Euzebiana i Donata. Jest fragment ciała świętego Walentego, który znajduje się na prawym ołtarzu kaplicy. Relikwiarz ze srebrnej blachy w kształcie przedramienia wskazuje, że wewnątrz jest fragment ręki świętego. Relikwie te trafiły tu w 1666 roku. Są relikwie sprzed wieków i te współczesne, jak np. złożone przez córkę św. Joanny Beretty Molli. - „Jest to dzień dla mnie pełen szczęścia i wzruszenia, że w takim miejscu jak Jasna Góra, gdzie bije serce Królowej Polski, będą relikwie mojej Mamy. Jest to szczególne miejsce nie tylko dla Polski, ale i dla całego świata. Mam nadzieję, że te relikwie i modlitwa za wstawiennictwem mojej Mamy będą pomocą dla wszystkich, którzy będą się do niej uciekać. Znajdą u niej pomoc matki, chorzy...” – mówiła Laura Panutti, córka św. Gianny Beretty Molli, podczas uroczystości przekazania Sanktuarium Jasnogórskiemu relikwii jej świętej Matki w maju 2006 r.

W 2008 r. relikwie bł. Karola I Habsburga na Jasną Górę ofiarował arcyksiążę Rudolf d’Autriche wnuk błogosławionego Cesarza. Ostatni cesarz Austro-Węgier Karol I był przykładnym mężem i ojcem, heroicznym żołnierzem, a gdy został władcą, zabiegał o położenie kresu I wojnie światowej.

Szczególnie wymownym znakiem „obecności” świętych jest specjalny relikwiarz wmurowany w tylną ścianę Ołtarza Bogurodzicy. Znajdują się tu relikwie bł. kapelana robotników ks. Jerzego Popiełuszki, św. s. Faustyny. Św. o. Maksymiliana Kolbe, bł. Honorata Koźmińskiego, św. Józefa Pelczara, św. abp. Zygmunta Szczęsnego-Felińskiego oraz św. abp. Józefa Bilczewskiego Został on ufundowany przez NSZZ” Solidarność” w 2010 r. Przy relikwiach świętych na chwilę modlitwy i refleksji mogą na krótko zatrzymać się pielgrzymi, którzy zwyczajowo obchodzą ołtarz Matki Bożej Jasnogórskiej.