Przypominał o tym wielokrotnie św. Jan Paweł II, podkreślając, że jedność chrześcijan jest zobowiązaniem wszystkich wyznawców Chrystusa i odpowiedzią na świadectwo, którego oczekuje świat. „Ja mam głęboką świadomość tego oczekiwania świata. Ten świat jest, zwłaszcza w naszym kręgu cywilizacyjnym, zdawałoby się bardzo zeświecczały, dominuje sekularyzacja, ale równocześnie przez to doświadczenie wyczuwa się oczekiwanie na świadectwo wyznawców Chrystusa, uczniów Chrystusa – mówił Ojciec Święty w czasie spotkania ekumenicznego w rezydencji prymasa Polski w Warszawie 8 czerwca 1987 r.

Papież zaznaczał, że duch ekumenizmu powinien być obecny na każdym polu obecności chrześcijan i przenikać całe życie Kościoła – zwłaszcza głoszenie słowa Bożego i katechezę, „winien przenikać też jeszcze bardziej do seminariów duchownych, do klasztorów i domów zakonnych”.

Pragnieniem Ojca Świętego było, aby wszyscy wyznawcy Chrystusa w jego Ojczyźnie „nie ustawali w odkrywaniu braterstwa w Chrystusie wypływającego ze wspólnego chrztu”. Św. Jan Paweł II, przywołując słowa Dokumentu z Limy z 1982 r., zwracał uwagę na fakt, że chrześcijanie różnych wyznań coraz bardziej uświadamiają sobie, iż przez chrzest „jednoczą się z Chrystusem, wzajemnie ze sobą oraz z Kościołem każdego czasu i każdego miejsca. Nasz wspólny chrzest jednoczy nas z Chrystusem w wierze, jest zatem fundamentalną więzią jedności, jest wezwaniem dla Kościołów, aby przezwyciężyły swoje podziały i w widzialny sposób zamanifestowały swoją wspólnotę”.

Nieodzownym warunkiem owocności wysiłków ekumenicznych jest – zdaniem św. Jana Pawła II – aby w duchu ewangelicznego braterstwa umieć sobie „nawzajem wybaczyć to, w czym przeciwko sobie zawiniliśmy w przeszłości. Podziały istniejące jeszcze między chrześcijanami może przezwyciężyć tylko Duch Święty, który w dniu Zielonych Świąt zstąpił na Apostołów i „przemienił ich w zdecydowanych i zjednoczonych wzajemnie świadków Chrystusa”.

9 czerwca 1991 r. w czasie nabożeństwa ekumenicznego w ewangelickim kościele Przenajświętszej Trójcy w Warszawie papież zwrócił uwagę na głęboką wymowę tego miejsca i jego historii oraz związanych z nim duchownych, przypominając, że „ta luterańska świątynia dzieliła los innych kościołów Warszawy w 1939 r. i 1944 r. Okupanci nie traktowali jej lepiej dlatego, że była luterańska. Tutaj pracował od 1898 r. jako proboszcz ks. Juliusz Bursche, późniejszy biskup i zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Polsce. Ten wielki chrześcijanin i wielki polski patriota wolał oddać życie w niemieckim więzieniu niż wyrzec się polskości. W tej świątyni głosił również słowo Boże inny wielki chrześcijanin i Polak, sługa Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego, biskup adiunkt Zygmunt Michelis, proboszcz tej parafii od 1921 r., który za obronę Warszawy w 1939 r. otrzymał wysokie odznaczenie”.

Św. Jan Paweł II, nawiązując do Ef 4,2 („Znosząc siebie nawzajem w miłości...”), podkreślał, że słowa te znaczą więcej niż tylko tolerować. „Znosić się w miłości” to także usiłować zrozumieć; zrozumieć, by wybaczyć; to również akceptować, czuć się wewnętrznie bliskim, chcieć przebywać we wspólnocie, poczuwać się do wspólnoty, to spieszyć, by wspierać, to chcieć współpracować i współtworzyć. Choć wprawdzie, jak mówił Karl Barth, „wciąż jeszcze wierzymy inaczej, ale przecież nie w Innego”.