Jako pierwsza zarejestrowała się 55-osobowa grupa z Sewilli w Hiszpanii, a z polskich – grupa z diecezji pelpińskiej. Z grup zagranicznych są już deklaracje z Honkkongu, Palestyny, Korei Południowej, Trynidatu i Tobago, Kongo, Belize czy Kanady.

Pielgrzymi z Polski rejestrują się przez Diecezjalne Centra ŚDM. To diecezjalni duszpasterze rejestrują makrogrupy, z których potem wydzielane będą podgrupy dla danych parafii, wspólnot czy duszpasterstw. Poza diecezją pelplińską, dotychczas potwierdzona jest rejestracja z diecezji: bielsko-żywieckiej i gliwickiej.

System rejestracji działa w pięciu językach: polskim, angielskim, włoskim, hiszpańskim i francuskim. W tych językach wolontariusze długoterminowi z Włoch, Brazylii i Polski udzielają informacji mailowych i telefonicznych.

Rejestracja dokonuje się online przez system stworzony we współpracy z Papieską Radą ds. Świeckich. Odnośnik do systemu znajduje się na stronie http:// www.krakow2016.com/pielgrzymi-informacje. Pierwszą fazą rejestracji jest zgłoszenie makrogrupy, tj. grupy do 5000 osób. To zgłoszenie jest dalej akceptowane przez Sekcję Rejestracji KO ŚDM Kraków 2016. Po tym potwierdzeniu kierownik grupy może uzupełniać dalsze dane: podział na podgrupy, wyznaczenie ich opiekunów, aż do deklaracji wyboru Pakietu Pielgrzyma z czasem przebywania w Krakowie i potrzebnymi usługami (zakwaterowanie, wyżywienie). Każdy zarejestrowany Pielgrzym będzie miał zapewniony transport miejski, odpowiednie ubezpieczenie oraz Plecak Pielgrzyma.

System Rejestracyjny ruszył 26 lipca, jako pierwszy skorzystał z niego Papież Franciszek, który kliknięciem w systemie zachęcił młodych do pielgrzymowania do Krakowa.